Yordamlar tarafından yapısal ve işlevsel özellikleri analiz ve tahmin edilen ve aranan özellikleri ile karşılaştırıldığında, özellikle değiştirilmiş bir protein sentezi doğrudan rehberleri yapısal genler (birleştiğinde olabilir mutasyona uğramış genler üretmek için site-spesifik mutagenesis) nonrandom tek site değişiklikleri tanıtılmaktadır. Protein tasarım bilgisayar grafik teknolojisi ile yardımcı ve diğer gelişmiş moleküler modelleme teknikleri.