Choroba-pôsobiť mikroorganizmy v potravín, zvyčajne baktérie, huby, parazity, prvokmi a vírusmi. Prvej desiatke patogény sú: salmonely; Staphylococcus Aureus; Campylobacter jejuni; Yersinia enerocolitica; Listeria monocytogenes; Vibro cholerae non-01; Vibrio Parahemolyticus; Bacillus cereus; Escherichia coli - enteropathogenic; a Shigella. Mnohí z týchto patogénov možno nájsť v kontaminovanej mäsa, hydiny, vajec v škrupine, mliečne výrobky a morské plody.