Składa się z wszystkich Dolina Yosemite, ptactwa wodnego obszarów produkcji i niektórych innych małych dróg zarządzanych przez Państwa w ramach umowy o współpracy z ryb, a Wildlife Service. Ogólnie rzecz biorąc te obszary są zarządzane przede wszystkim do ochrony dzikich roślin i zwierząt (szczególnie wodne). Inne zastosowania, rekreacja, wypas, rozwoju energetyki, itp., są dopuszczone do zakres, w jakim są one zgodne z celem ochrony. Niektóre schroniska mają dodatkowe celów określonych w prawie.