제주항공의 전신은 2005년 1월 세워진 제주에어다. 제주도의 항공교통수단을 개선함으로써 제주도민과 제주도를 찾는 관광객의 여행편의를 높이기 위한 목적으로 제주도가 직접 설립을 추진한 저가 항공사이다.

제주항공은 애경그룹과 제주도가 각각 100억 원, 50억 원을 출자해 자본금 150억 원으로 설립한 저가항공사다. 2005년 취항 초기 2~3년간 고유가, 환율, 막대한 초기 투자비용, 후발주자의 시장진입 등의 악재로 고전했다. 그러나 지속적인 노선 확대와 기종 단일화, 소비자 인식 변화로 5년간 매출신장률이 평균 91%를 기록했다. 2005년 8월 정기항공 운항사업 면허를 취득하고 9월 현재의 상호로 변경했다.