二重鎖を作成は DNA ヘリックス、内の特定の塩基配列認識エンドヌクレアーゼの DNA を破る。

注: 入力は制限の酵素これら認識のサイトへのバインドがその後、DNA を別のサイトにカットします。タイプ II の制限の酵素バインドし、の両方が認識またはターゲット サイト内をカットします。