החלק של מערכת העצבים המורכב של המוח ואת חוט השדרה. מערכת העצבים המרכזית (CNS) משמש מרכז עיבוד הראשי עבור מערכת העצבים כולו, ומתאם לכל הפונקציות של הגוף. ההידבקות באיידס או שימוש בסמים antiretroviral (ARV) מסוימים יכולים לגרום נזק ל- CNS.