Aturan untuk menggunakan jalur komunikasi. Protokol dapat mengidentifikasi arah aliran data, dimana data dimulai dan berakhir, berapa banyak data sedang dikirim, dan apakah data atau informasi kontrol sedang dikirim. Dua protokol yang JES3 menggunakan untuk mendirikan sebuah lingkungan jaringan komunikasi sinkron biner (BSC) dan sistem arsitektur jaringan (SNA).