Mikroorganisme penyebab penyakit ditemukan dalam makanan, biasanya bakteri, jamur, parasit, protozoans, dan virus. Sepuluh patogen adalah: Salmonella; Staphylococcus Aureus; Campylobacter jejuni; Yersinia enerocolitica; Listeria monocytogenes; Vibro cholerae bebas-01; Vibrio Parahemolyticus; Bacillus cereus; Escherichia coli - enteropathogenic; dan Shigella. Banyak patogen ini dapat ditemukan dalam terkontaminasi daging, unggas, telur shell, produk susu, dan makanan laut.