A baktériumok a talajban általánosan fellelhető csoport neve. Ezek a rúd alakú szervezetek növekedését legjobb, alacsony oxigén feltételeknek. a baktériumok formában spórák, amelyek lehetővé teszik számukra, hogy életben marad-ban egy szunnyadó állapotban, addig ki vannak téve a feltételek, hogy támogatni tudja a növekedést. Clostridium botulinum baktérium okozza a botulizmus ideg-toxin termel.